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A inicialização e configuração das filiais é realizada através de um assistente no Administrador. A seguinte tabela enumera os campos disponíveis e configuráveis:
| Campos das Filiais | Descrição |
| Tipo | Define o tipo de Filial em questão:
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| Filial | Código da Filial que contém três dígitos numéricos obrigatoriamente. O código da sede é sempre 000. |
| Comunicação | Especifica o suporte de comunicação utilizado para a Filial. |
| Última Importação | É guardado o número da última importação da filial, ou seja, por cada operação de importação este campo vai ser incrementado. É particularmente útil quando se deseja repetir uma determinada integração. Para isso, basta colocar neste campo o número anterior ao da integração que se deseja repetir. Exemplo: Pretende-se importar novamente a integração número 3, logo, neste campo colocar-se-á o número 2. Será então importada novamente a integração número 3. |
| Última Exportação | Análogo ao campo Última Importação. |
Os numeradores Última Importação e Última Exportação deverão ser alterados apenas por utilizadores experientes, uma vez que existe um grande risco de perda de informação.